这种无症状的菌尿症若未经治疗，产妇过一阵子就会有极大的可能会有解尿疼痛，且甚至会有发烧、腰部疼痛等急性肾盂肾炎的情况。据统计产妇因菌尿症发生急性肾盂肾炎的机会高达百分之二十至四十，是一般妇女好发率的十倍以上，且大多发生在第三产期。之所以在第三产期会有较高的感染率主要是跟怀孕时期荷尔蒙分泌的影响及胎儿的压迫，会造成生理性输尿管扩张及肾水肿，且怀孕的时间愈长造成菌尿症的可能则愈高。但只要菌尿症有经过完整的治疗，急性肾盂肾炎发生的机会则会降低到百分之五以下。为了避免菌尿症所造成的后遗症；诸如急性肾盂肾炎、败血症进而影响胎儿生长发育，建议产妇只要尿液检查有发现细菌，不论有无症状皆需接受治疗。
临床上常用的抗生素如红霉素、四环霉素及磺安类药物等，皆会影响胎儿成长要避免使用，事实上只要慎选药物孕妇仍然可以安心服用抗生素，上述情形也就不会发生。孕妇若有急性肾盂肾炎时(如发烧及腰疼痛)，就应住院接受治疗，近百分之九十五的患者于住院头一天内就有明显疗效，而完整的疗程应包括两星期的抗生素治疗才够。这中间会有百分之十的患者于产前或产后仍有泌尿道感染复发的可能，为了避免泌尿道感染复发，建议整个产程都应定期做尿液检查及于必要时做尿液细菌培养。
由于妇女于怀孕期中，极易因轻微的菌尿症造成高比率的肾盂肾炎，进而影响胎儿成长。所以产检时产妇都应知道接受基本的尿液检查的必要性，尤其当怀孕进入晚期时，由于泌尿系统受胎儿的压迫，菌尿症发生的机会会比平常高许多，且亦有复发的可能。为了避免上述的情况，任何孕期菌尿症都不应轻忽更不可不重视，都需接受完整的抗生素治疗，以保胎儿及母亲的平安。